Menetelmän avulla voidaan käsitellä traumaattisia tai muita häiritseviä muistoja.
Perusajatuksena on, että EMDR nopeuttaa haitallisten muistojen käsittelyä. Traumaattisen tapahtuman aikana ihmisen tietojen käsittely ei toimi normaalisti, vaan aivojen oma tiedonkäsittelyjärjestelmä joutuu epätasapainoon, ikään kuin oikosulkuun. EMDR-hoidon avulla jumiutunut muistiaines alkaa prosessoitua uudelleen, jolloin muiston käsittely helpottuu, ja normaali, luonnollinen tapa käsitellä muistoa aktivoituu. EMDR mukaileekin automaattista ja luonnollista tapaa käsitellä elämystodellisuuteen liittyviä muistoja.
Oletuksena on, että EMDR-hoidossa silmänliikkeet tai vaihtoehtoiset ärsykkeet, kuten ääni- tai kosketusärsykkeet, laukaisevat fysiologisen mekanismin, joka puolestaan aktivoi informaation luonnollisen prosessointi -systeemin. Onnistunut uudelleen prosessointi muuttaa häiritsevää muistoa sellaiseksi, joka ei ole enää tunnetasolla ahdistava ja sen lisäksi asiakas voi liittää sen osaksi elämänhistoriaansa.
EMDR-terapia on Käypä hoito -suosituksen mukainen hoitomuoto traumaperäisen stressihäiriön hoitoon. Sen avulla haitallisten muistojen käsittely mahdollistuu, se edistää normaalin selviytymisprosessin etenemistä, lievittää voimakasta psyykkistä stressiä ja voi nopeuttaa toipumista merkittävästi. Työskentelyn tavoitteena on vapauttaa voimavaroja elää enemmän nykyhetkessä.
EMDR:ää voidaan käyttää myös lievempien reagointien neutraloimiseen, jos niihin liittyy häiritsevyyttä ja rajoittavuutta elämän osa-alueilla. Menetelmää voidaan käyttää myös tulevaisuuteen suuntautuvien pelkojen tai riippuvuuksien hoidossa. Sen avulla voidaan vahvistaa sisäistä kokemusta pystyvyydestä omaa elämää koskien.
EMDR-terapiaa voidaan käyttää itsenäisenä, rajattuna työskentelynä tietyn traumaattisen kokemuksen tai siihen liittyvien oireiden käsittelyyn.
Jos taustalla on pitkäkestoisia tai toistuvia traumaattisia kokemuksia, EMDR voi olla osa pidempää, vaiheorientoitunutta traumapsykoterapiaa. Tällöin edetään rauhallisesti ja turvallisesti, tarvittavia valmiuksia ja säätelyä vahvistaen – traumakokemusten käsittelyä ei tarvitse kiirehtiä.